熒光產生機理
熒光是一種光致發光的冷發光現象。當光照射到某些原子時，光的能量使原子核周圍的一些電子由原來的軌道躍遷到了能量更高的軌道，即從基態躍遷到*激發單線態或第二激發單線態等。*激發單線態或第二激發單線態等是不穩定的，所以會恢復基態，當電子由*激發單線態恢復到基態時，能量會以光的形式釋放，所以產生熒光。另外，熒光是物質吸收光照或者其他電磁輻射后發出的光。大多數情況下，發光波長比吸收波長較長，能量更低。但是，當吸收強度較大時，可能發生雙光子吸收現象，導致輻射波長短于吸收波長的情況發生。當輻射波長與吸收波長相等時，既是共振熒光。
熒光參數
在葉綠素熒光分析中常用的熒光參數是初始熒光Fo、暗適應后zui大熒光產量Fm、可變熒光Fv、zui大光化學效率Fv/Fm、光照下zui大熒光產量Fm"、給定光強下穩態熒光Fs、光照下光系統II的有效量子產量Yield、光化學猝滅系數qP、非光化學猝滅系數qP和NPQ。在這里Fo是已經暗適應的光和機構光系統II反應中心均處于開放時的熒光強度，它與所激發的強度和葉綠素濃度有關，而與光合作用的光反應無關。Fm為充分暗適應后的zui大熒光，是已經暗適應的光合機構光系統II反應中心全部關閉時的熒光強度，Fv是熒光的可變部分，受耗散能量的途徑因素的影響。Fv/Fm是表明光化學反應狀況的一個重要參數，反應光系統II反應中心的zui大光能轉換效應。
葉綠素熒光現象的發現
將暗適應的綠色植物突然暴露在可見光下后，植物綠色組織發出一種暗紅色，強度不斷變化的熒光。熒光隨時間變化的曲線稱為葉綠素熒光誘導動力學曲線。zui直觀的表現是，葉綠素溶液在透射光下呈綠色，在反射光下呈紅色的現象。其本質是，葉綠素吸收光后，激發了捕光色素蛋白復合體，LHC將其能量傳遞到光系統2或光系統1，期間所吸收的光能有所損失，大約3%-9%的所吸收的光能被重新發射出來，其波長較長，即葉綠素熒光。
葉綠素熒光產生的原理
葉片是進行光合作用的主要器官，葉綠體是進行光合作用的主要細胞器。葉綠體是由葉綠體膜包裹起來的組織，膜內主要含有基質、基粒、類囊體。葉綠體的光合色素主要集中在基粒之中，光能轉換為化學能的主要過程是在基粒中進行的。
在高等植物體內含有光合色素包括葉綠素和類胡蘿卜素兩種，一般情況下以3:1的比例存在于類囊體的膜中。葉綠素分為葉綠素a和葉綠素b,類胡蘿卜素分為胡蘿卜素和葉黃素。
葉綠素不溶于水，而溶于有機溶劑。從化學性質講，葉綠素是葉綠酸的產物，葉綠酸的兩個羥基分別被甲醇和葉綠醇酯化而得到的，對光、熱、酸敏感，能發生皂化反應，性質不穩定。
熒光產生的物理機制是斯托克斯位移，當一定波長的光子碰撞到葉綠素分子時，光子可能被分子吸收，使分子的能量升高，處于較高能態的分子是不穩定的，一般要通過釋放吸收的能量而回到穩定的基態即zui低能級，其中一部分將以輻射的形式回到基態。分子必須在吸收一定頻率范圍的激發光后，通過振動馳豫回到*激發電子態的zui低能級，由此向下的輻射躍遷才可能產生熒光，因此熒光的波長一般要比激發光的波長要長。
光合作用
光合作用是指含葉綠素的植物細胞和細菌吸收光能，將無機物轉化為有機物并釋放氧氣的過程。他是高等植物從外界環境獲取能量的重要途徑，是高等植物進行生命活動的基礎。由綠色植物發射的葉綠素熒光以一種復雜的方式表達光合作用活性和行為。當光子照射綠色植物的葉片時，光能在葉片的分配有反射、透射和吸收等三種主要的去激途徑。葉綠素分子吸收的光能除了大部分進行光化學反應外，少部分會以熱耗散和熒光的方式釋放出來。
在植物光合作用過程中，葉綠素色素分子對光能的吸收及能量的轉變途徑中包括著極復雜的生物物理及生物化學過程。在葉綠體內激發能從葉綠素b向葉綠素a的傳遞效率幾乎達到100%,所以檢測不到葉綠素b的熒光，因此，在對葉綠素熒光進行分析時，通常是指葉綠素a發出的熒光。
光合作用過程中有兩種不同的光化學反應，他們發生在相關聯的不同色素基團中，這些基團被稱為PSI和PSII。在常溫下，PSI色素系統基本不發熒光，接近95%的被檢測到的，葉綠素熒光信號來源于PSII相關的葉綠素分子，因此，我們研究的葉綠素熒光光譜主要由PSII相關葉綠素分子產生的。
葉綠素熒光的測量
測量光閃，光源光源，能量極低，只能輕微的擾動光合結構的氧化還原能量極低，只能輕微的擾動光合結構的氧化還原狀態，而剛好不產生電子的分離與傳遞。
典型光閃持續時間，典型光強，波長，飽和光閃，光源，攜帶很高的能量，能夠一次翻轉所有活化攜帶很高的能量，能夠一次翻轉所有活化反應中心的光化學狀態反應中心的光化學狀態。
葉綠素熒光分析方法的分類
葉綠素熒光分析法主要分為兩類，一類是研究熒光強度隨時間變化，即葉綠素熒光誘導動力學；一類是研究熒光強度在波長空間范圍內的變化，即葉綠素熒光光譜分析法。
葉綠素熒光動力學研究的特點
葉綠素熒光動力學特性包含著光合作用過程的豐富信息，光能的吸收和轉換，能量的傳遞與分配，反應中心的狀態，過剩光能及其耗散，光合作用光抑制與光破壞。
可以對光合器官進行“無損傷探查”
操作步驟簡單快捷。
葉綠素熒光儀的應用
可以做野外葉片研究，溫室培養，作物病害評估，環境評價，園藝學，農學，林學，水生物學，毒理學，突變株篩選，遺傳育種等。
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